由去年的社會運動，加上本年初開始的新冠肺炎疫情，為不少機構帶來很大的衝擊。過去半年，香港基督教機構協會先後做過兩次有關機構營運狀況的調查，疫情持續下，許多機構的服務都被迫大幅度減少或暫停，特別是以提供訓練和照顧特殊羣體為主的服務，以及影音、音樂、佈道和差傳等事工。至於零售、出版業務更大受影響，當務之急為尋找新的服務和合作模式，以配合社會及教會當前的需要。
面對未來可能出現更嚴峻的挑戰，香港基督教機構協會十月二十三日再度發出呼籲，教會可更多使用機構的服務及主動提出需要、邀請機構同工分享教會及機構如何互相支持、增加明年對機構的年度奉獻以協助渡過困境、善用資源以平宜租金租出場地供機構使用、為有需要機構提供應急資助等。